Samuraii erau o clasă de războinici cu înaltă calificare care au apărut în Japonia după reformele Taika din A.D. 646, care includeau redistribuirea terenurilor și taxe noi noi menite să sprijine un imperiu elaborat în stil chinezesc. Reformele au obligat mulți mici fermieri să-și vândă pământul și să lucreze ca fermieri locatari. De-a lungul timpului, câțiva mari proprietari de pământ au acumulat putere și bogăție, creând un sistem feudal similar cu cel al Europei medievale. Pentru a-și apăra bogățiile, domnii feudali japonezi au angajat primii războinici samurai, sau „bushi”.
Unii samurai erau rude ale proprietarilor de terenuri pe care i-au protejat, în timp ce alții erau pur și simplu săbii angajați. Codul samurai a accentuat loialitatea față de stăpânul său, chiar și asupra loialității familiei. Istoria arată că cei mai loiali samurai erau de obicei membrii familiei sau dependenții financiari ai domnilor lor.
În anii 900, împărații slabi ai erei Heian au pierdut controlul asupra Japoniei rurale, iar țara a fost sfâșiată de revoltă. Puterea împăratului s-a restrâns curând la capitală și în toată țara, clasa războinică s-a mutat pentru a umple vidul de putere. După ani de lupte, samuraiul a înființat un guvern militar cunoscut sub numele de shogunate. Până la începutul anilor 1100, războinicii aveau atât putere militară cât și politică peste o mare parte a Japoniei.
Linia imperială slabă a primit o lovitură fatală puterii sale în 1156 când împăratul Toba a murit fără un succesor clar. Fiii săi, Sutoku și Go-Shirakawa, au luptat pentru control într-un război civil cunoscut sub numele de Rebeliunea Hogenă din 1156. În cele din urmă, ambii vor fi împărați pierduți și biroul imperial și-a pierdut toată puterea rămasă..
În timpul războiului civil, clanurile de samurai Minamoto și Taira au crescut la proeminență. S-au luptat unii pe alții în timpul Rebeliunii Heiji din 1160. După victoria lor, Taira a stabilit primul guvern condus de samurai, iar înfrânții Minamoto au fost alungați din capitala Kyoto.
Cele două clanuri au luptat încă o dată în războiul de la Genpei din 1180 până în 1185, care s-a încheiat în victorie pentru Minamoto. În urma victoriei lor, Minamoto no Yoritomo a stabilit Shogunateul Kamakura, păstrându-l pe împărat ca o figură. Clanul Minamoto a condus o mare parte a Japoniei până în 1333.
În 1268, a apărut o amenințare externă. Kublai Khan, conducătorul mongol al Chinei Yuan, a cerut tribut Japoniei, iar atunci când Kyoto a refuzat să se conformeze mongolilor au invadat. Din fericire pentru Japonia, un tifon a distrus cele 600 de nave ale mongolilor și o a doua flotă de invazie în 1281 a întâmpinat aceeași soartă.
În ciuda unui astfel de ajutor incredibil din partea naturii, atacurile mongole l-au costat mult pe Kamakura. Incapabil să ofere pământ sau bogăție liderilor samurai care s-au raliat apărării Japoniei, shogunul slăbit s-a confruntat cu o provocare a împăratului Go-Daigo în 1318. După ce a fost exilat în 1331, împăratul s-a întors și a răsturnat pe shogunat în 1333.
Restaurarea Kemmu a puterii imperiale a durat doar trei ani. În 1336, shogunatul Ashikaga sub Ashikaga Takauji a reafirmat regula samuraiului, deși acest nou shogunat era mai slab decât cel al Kamakura. Constănțenii regionali numiți „daimyo” au dezvoltat o putere considerabilă și s-au amestecat cu linia de succesiune a shogunatului.
Până în 1460, daimyosii ignorau ordinele de la shogun și susțineau diferiți succesori pe tronul imperial. Când shogunul, Ashikaga Yoshimasa, și-a dat demisia în 1464, o dispută între susținătorii fratelui său mai mic și fiul său a aprins lupte și mai intense între daimyo.
În 1467, această ciocnire a izbucnit în Războiul Onin de zece ani, în care mii de oameni au murit și Kyoto a fost ars la pământ. Războiul a dus direct la „perioada de război a statelor” din Japonia sau Sengoku. Între 1467 și 1573, diferiți daimyos și-au condus clanurile într-o luptă pentru dominația națională și aproape toate provinciile au fost angajate în luptă.
Perioada statelor în război s-a încheiat în 1568, când șeful de război Oda Nobunaga a învins trei daimyos puternici, a marșat în Kyoto și l-a instalat pe liderul său preferat, Yoshiaki, ca shogun. Nobunaga și-a petrecut următorii 14 ani supunând altor daimy-uri rivale și înăbușind rebeliunile de către călugări budiști fragili. Marele său castel Azuchi, construit între 1576 și 1579, a devenit un simbol al reîntregirii japoneze.
În 1582, Nobunaga a fost asasinat de unul dintre generalii săi, Akechi Mitsuhide. Hideyoshi, un alt general, a încheiat unificarea și a condus ca campaku, sau regent, invadând Coreea în 1592 și 1597.
Hideyoshi a exilat clanul mare Tokugawa din zona din jurul Kyoto în regiunea Kanto din estul Japoniei. Până în 1600, Tokugawa Ieyasu cucerise daimyo-ul vecin de la fortăreața castelului său din Edo, care într-o bună zi va deveni Tokyo.
Fiul lui Ieyasu, Hidetada, a devenit shogun al țării unificate în 1605, el însușind în aproximativ 250 de ani o relativă pace și stabilitate pentru Japonia. Shogunii puternici din Tokugawa au domesticit samuraii, forțându-i să-și servească domnii în oraș sau să renunțe la săbiile și la fermă. Acest lucru a transformat războinicii într-o clasă de birocrați de cultură.
În 1868, restaurarea Meiji a semnat începutul sfârșitului pentru samurai. Sistemul Meiji al monarhiei constituționale a inclus reforme democratice, precum limitele de termen pentru funcționarii publici și votarea populară. Cu sprijin public, împăratul Meiji a eliminat samuraii, a redus puterea daimyo-ului și a schimbat numele capitalei din Edo în Tokyo.
Noul guvern a creat o armată condamnată în 1873. Unii dintre ofițeri au fost trași din rândurile foștilor samurai, dar mai mulți dintre războinici au găsit muncă ca ofițeri de poliție. În 1877, ex-samurai furioși s-au revoltat împotriva Meiji în Rebeliunea Satsuma, dar ulterior au pierdut bătălia de la Shiroyama, ducând epoca samuraiului la sfârșit.
Cultura samuraiului a fost întemeiată în conceptul de bushido, sau modul de războinic, ale cărui obiective centrale sunt onoarea și libertatea de frica de moarte. Un samurai avea dreptul legal să reducă orice comunist care nu a reușit să-l onoreze - sau ea - în mod corespunzător. Războinicul se credea a fi îmbogățit de spiritul bushido. El sau ea trebuia să lupte neînfricat și să moară onorabil, mai degrabă decât să se predea în înfrângere.
Din această nesocotire pentru moarte a ieșit tradiția japoneză a seppuku, în care înfrânții războinici - și oficiali guvernamentali dezgraciați - s-ar sinucide cu onoare, demonstrându-se cu o sabie scurtă.
Samuraii timpurii au fost arcași, care luptau pe jos sau cu calul cu arcuri extrem de lungi (yumi) și foloseau săbiile în principal pentru terminarea inamicilor răniți. După invaziile mongolilor din 1272 și 1281, samuraii au început să utilizeze mai mult săbiile, stâlpii răsturnați de lame curbate numite naginata și sulițe.
Războinicii Samurai au purtat două săbii, katana și wakizashi, cărora li s-a interzis utilizarea de către non-samurai la sfârșitul secolului 16.