La mijlocul secolului al XI-lea, o negustorie benedictină a fost înființată în Ierusalim de comercianții din Amalfi. Aproximativ 30 de ani mai târziu, lângă spital a fost fondat un spital pentru îngrijirea pelerinilor bolnavi și săraci. După succesul primei cruciade din 1099, fratele Gerard (sau Gerald), superiorul spitalului, a extins spitalul și a înființat spitale suplimentare de-a lungul traseului spre Țara Sfântă..
Pe 15 februarie 1113, ordinul a fost numit în mod oficial Spitalierii Sf. Ioan din Ierusalim și recunoscut într-un taur papal emis de Papa Pașal al II-lea..
Cavalerii Hospitaller erau de asemenea cunoscuți ca Spitalieri, Ordinul Maltei, Cavalerii din Malta. Din 1113 până în 1309 au fost cunoscuți ca Spitalierii Sf. Ioan din Ierusalim; din 1309 până în 1522 au trecut prin Ordinul Cavalerilor din Rodos; din 1530 până în 1798 au fost Ordinul Suveran și Militar al Cavalerilor din Malta; din 1834 până în 1961 au fost Cavalerii Spitalului Sf. Ioan din Ierusalim; iar din 1961 până în prezent sunt cunoscuți oficial ca Ordinul Suveran Militar și Ospitalier al Sfântului Ioan din Ierusalim, din Rodos și din Malta.
În 1120, Raymond de Puy (de exemplu, Raymond de Provence) l-a succedat pe Gerard ca lider al ordinului. El a înlocuit regula benedictină cu regula augustiniană și a început activ să construiască baza de putere a ordinii, ajutând organizația să dobândească pământuri și avere. Probabil inspirați de templieri, Spitalierii au început să ia armele pentru a-i proteja pe pelerini, precum și pentru a-și îngriji bolile și rănile. Cavalerii Hospitaller erau încă călugări și au continuat să-și urmeze juramurile de sărăcie personală, ascultare și celibat. Comanda a inclus și capelanii și frații care nu au luat armele.
Averea schimbătoare a cruciaților occidentali ar afecta și spitalistii. În 1187, când Saladin a capturat Ierusalimul, cavalerii Hospitaller și-au mutat sediul în Margat, apoi în Acre zece ani mai târziu. Odată cu căderea Acre în 1291 s-au mutat la Limassol în Cipru.
În 1309, Spitalierii au dobândit insula Rodos. Marele maestru al ordinului, care a fost ales pe viață (dacă este confirmat de papă), a condus Rodos ca un stat independent, montarea monedelor și exercitarea altor drepturi de suveranitate. Când cavalerii Templului au fost dispersați, unii templieri supraviețuitori s-au alăturat rândurilor de la Rodos. Cavalerii erau acum mai războinici decât „ospitalierii”, deși rămâneau o frăție monahală. Activitățile lor includeau războiul naval; au armat nave și au pornit după pirații musulmani și s-au răzbunat pe comercianții turci cu pirateria proprie.
În 1522, controlul Hospitaller al Rodilor a luat sfârșit cu un asediu de șase luni de către liderul turc Suleyman Magnificul. Cavalerii au capitulat la 1 ianuarie 1523 și au părăsit insula cu acei cetățeni care au ales să-i însoțească. Spitalierii au rămas fără bază până în 1530, când împăratul Roman V Charles V a aranjat ca aceștia să ocupe arhipelagul maltez. Prezența lor a fost condiționată; acordul cel mai notabil a fost prezentarea în fiecare an a unui șoim către viceregul împărat al Siciliei.
În 1565, marele maestru Jean Parisot de la Valette a dat dovadă de conducere superbă când l-a oprit pe Suleyman Magnificul să-i alunge pe cavaleri de la sediul lor maltez. Șase ani mai târziu, în 1571, o flotă combinată a cavalerilor de Malta și a mai multor puteri europene a distrus practic marina turcească la bătălia de la Lepanto. Cavalerii au construit o nouă capitală a Maltei în onoarea La Valette, pe care au numit-o Valetta, unde au construit apărări mărețe și un spital care a atras pacienți dincolo de Malta.
Spitalierii reveniseră la scopul lor inițial. De-a lungul secolelor, au renunțat treptat la război în favoarea îngrijirii medicale și a administrației teritoriale. Apoi, în 1798, au pierdut Malta când Napoleon a ocupat insula în drumul către Egipt. Pentru o scurtă perioadă s-au întors sub auspiciile Tratatului de la Amiens (1802), dar când Tratatul de la Paris din 1814 a dat arhipelagul Marii Britanii, Spitalierii au plecat încă o dată. În cele din urmă s-au stabilit definitiv la Roma în 1834.
Deși nobilimea nu a fost obligată să se alăture ordinului monahal, a trebuit să fie un Cavaler Hospitaller. În timp ce această cerință a devenit mai strictă, de la dovedirea nobilimii ambilor părinți la cea a tuturor bunicilor timp de patru generații. O varietate de clasificări cavalerești au evoluat pentru a-i adăposti pe cavaleri mai mici și pe cei care au renunțat la jurământul de a se căsători, rămânând totuși afiliați ordinului. Astăzi, doar romano-catolicii pot deveni Hospitalari, iar cavalerii guvernanți trebuie să dovedească nobilimea celor patru bunici timp de două secole.
După 1805, ordinul a fost condus de locotenenți până când funcția de Mare Maestru a fost restaurată de Papa Leon al XIII-lea în 1879. În 1961 a fost adoptată o nouă constituție în care statutul religios al ordinului și statutul de suveran au fost definite cu precizie. Deși ordinul nu mai guvernează niciun teritoriu, el emite pașapoarte și este recunoscut ca națiune suverană de către Vatican și unele națiuni europene catolice.