Joseph Eggleston Johnston s-a născut pe 3 februarie 1807, în apropiere de Farmville, VA. Fiul judecătorului Peter Johnston și al soției sale Mary, el a fost numit pentru maiorul Joseph Eggleston, ofițerul comandant al tatălui său în timpul Revoluției americane. Johnston a fost, de asemenea, legat de guvernatorul Patrick Henry prin familia mamei sale. În 1811, s-a mutat cu familia sa la Abingdon, lângă granița Tennessee, în sud-vestul Virginiei.
Educat local, Johnston a fost acceptat la West Point în 1825 după ce a fost nominalizat de secretarul de război John C. Calhoun. Membru al aceleiași clase ca Robert E. Lee, a fost un student bun și a absolvit în 1829 locul 13 din 46. Comandat ca al doilea locotenent, Johnston a primit o misiune la a 4-a artilerie a SUA. În martie 1837, a părăsit armata pentru a începe studiile de inginerie civilă.
Mai târziu în acel an, Johnston s-a alăturat unei expediții de sondaj în Florida ca inginer topografic civil. Condus de locotenentul William Pope McArthur, grupul a ajuns în timpul celui de-al doilea război seminole. La 18 ianuarie 1838, ei au fost atacati de Seminole în timp ce se aflau pe uscat la Jupiter, FL. În luptă, Johnston a fost pășit în scalp și McArthur a rănit în picioare. Ulterior, el a susținut că în haine erau „nu mai puțin de 30 de găuri de gloanțe”. În urma incidentului, Johnston a decis să reintre în armata americană și a călătorit la Washington, în DC, în aprilie. Numit primul locotenent de ingineri topografici la 7 iulie, el a fost imediat trimis la căpitan pentru acțiunile sale la Jupiter.
În 1841, Johnston s-a mutat spre sud pentru a lua parte la supravegherea frontierei Texas-Mexic. Patru ani mai târziu, s-a căsătorit cu Lydia Mulligan Sims McLane, fiica lui Louis McLane, președintele căilor ferate din Baltimore și Ohio și fost politician proeminent. Deși s-a căsătorit până la moartea ei în 1887, cuplul nu a avut niciodată copii. La un an de la nunta lui Johnston, el a fost chemat în acțiune odată cu izbucnirea războiului mexican-american. Servind cu armata generalului-major Winfield Scott în 1847, Johnston a luat parte la campania împotriva orașului Mexico. Inițial făcând parte din personalul lui Scott, el a servit mai târziu ca secund la comanda unui regiment de infanterie ușoară. În timp ce a fost în acest rol, el a câștigat laude pentru prestația sa în timpul luptelor de la Contreras și Churubusco. În timpul campaniei, Johnston a fost de două ori preluat pentru vitejie, ajungând la gradul de locotenent-colonel, precum și rănit grav de împușcat la struguri la Bătălia de la Cerro Gordo și a fost lovit din nou la Chapultepec.
Întorcându-se în Texas după conflict, Johnston a ocupat funcția de inginer topografic principal al Departamentului Texas din 1848 până în 1853. În acest timp, a început să scrie secretarul de război Jefferson Davis o serie de scrisori prin care solicită transferul înapoi la un regiment activ și argumentarea. peste brevetul său se află în război. Aceste cereri au fost refuzate în mare măsură, deși Davis l-a numit pe Johnston locotenent-colonel al nou-formatului 1 cavalerie americană la Fort Leavenworth, KS în 1855. În exercițiu sub colonelul Edwin V. Sumner, a luat parte la campaniile împotriva Sioux și a ajutat la stingerea Sângerarea crizei din Kansas. Ordonat la Jefferson Barracks, MO în 1856, Johnston a luat parte la expediții pentru a cerceta granițele Kansasului.
După serviciu în California, Johnston a fost promovat la generalul de brigadă și l-a făcut general Quartermaster al armatei americane la 28 iunie 1860. Odată cu începutul războiului civil din aprilie 1861 și secesiunea din Virginia natală, Johnston și-a dat demisia din armata SUA. Cel mai înalt ofițer de rang pentru a părăsi armata americană pentru confederație, Johnston a fost numit inițial un general major în miliția din Virginia, înainte de a accepta o comisie ca general de brigadă în armata confederată pe 14 mai. Trimis la bacul Harper, el a preluat comanda trupelor. care se adunase sub comanda colonelului Thomas Jackson.
Supranumit Armata din Shenandoah, comanda lui Johnston s-a repezit spre est în iulie, în ajutorul generalului de brigadă P.G.T. Armata lui Beauregard a Potomacului în timpul primei bătălii din Bull Run. Ajunsi pe teren, oamenii lui Johnston au ajutat la întoarcerea luptelor și au asigurat o victorie confederată. În săptămânile de după bătălie a ajutat la proiectarea faimosului steag de luptă confederat, înainte de a primi o promoție la general în august. Deși promovarea sa a fost întârziată la 4 iulie, Johnston s-a arătat supărat că era junior cu Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston și Lee.
În calitate de ofițer de rang înalt pentru a părăsi armata americană, Johnston credea cu tărie că ar fi trebuit să fie ofițerul superior din armata confederată. Argumentele cu președintele confederat, Jefferson Davis, în această privință, au înrădăcinat în continuare relația lor, iar cei doi bărbați au devenit eficient dușmani pentru restul conflictului. Pus la comanda Armatei Potomac (mai târziu Armata din Virginia de Nord), Johnston s-a mutat spre sud în primăvara anului 1862 pentru a face față campaniei generalului maior George McClellan din Peninsula. Inițial blocând forțele Uniunii la Yorktown și luptând la Williamsburg, Johnston a început o retragere lentă spre vest.
În apropiere de Richmond, el a fost forțat să ia o poziție și a atacat armata Uniunii la Seven Pines pe 31 mai. Deși a oprit avansul lui McClellan, Johnston a fost rănit rău la umăr și piept. Luat în spate pentru a se recupera, Lee a fost dat comanda armatei lui Lee. Critic pentru că a dat teren înaintea lui Richmond, Johnston a fost unul dintre câțiva care au recunoscut imediat că Confederația nu avea material și forța de muncă a Uniunii și a lucrat pentru protejarea acestor active limitate. Drept urmare, terenul său s-a predat frecvent, în timp ce căuta să-și protejeze armata și să găsească poziții avantajoase din care să lupte.
Recuperarea din rănile sale, Johnston a primit comanda Departamentului de Vest. Din această poziție, el a supravegheat acțiunile armatei generalului Braxton Bragg din Tennessee și ale locotenentului general John Pemberton la Vicksburg. Cu generalul-major Ulysses S. Grant în campanie împotriva Vicksburgului, Johnston a dorit ca Pemberton să se unească cu el, astfel încât forța lor combinată să poată învinge armata Uniunii. Aceasta a fost blocată de Davis care a dorit ca Pemberton să rămână în apărarea Vicksburg. Lipsând bărbații să-l provoace pe Grant, Johnston a fost forțat să evacueze Jackson, MS, permițând luarea și arderea orașului.
Cu Grant care asediază Vicksburg, Johnston s-a întors la Jackson și a muncit pentru a construi o forță de ajutor. Plecând la Vicksburg la începutul lunii iulie, a aflat că orașul a capitulat în ziua de 4 iulie. Cădând înapoi la Jackson, el a fost izgonit din oraș mai târziu în acea lună de generalul-major William T. Sherman. În toamna aceea, în urma înfrângerii sale la bătălia de la Chattanooga, Bragg a cerut să fie ușurat. Cu reticență, Davis a numit-o pe Johnston să comande armata din Tennessee în decembrie. Presupunând comanda, Johnston a fost sub presiunea lui Davis să atace Chattanooga, dar nu a putut să o facă din lipsa proviziilor.
Prevăzând că forțele Uniunii Sherman de la Chattanooga s-ar muta împotriva Atlantei în primăvară, Johnston a construit o poziție defensivă puternică la Dalton, GA. Când Sherman a început să avanseze în mai, el a evitat atacurile directe asupra apărărilor confederației și a început în schimb o serie de manevre de cotitură care l-au obligat pe Johnston să abandoneze poziția după poziție. Ocupând spațiu pentru timp, Johnston a luptat o serie de bătălii mici în locuri precum Biserica Resaca și New Hope. La 27 iunie, a reușit să oprească un atac major al Uniunii la Muntele Kennesaw, dar l-a văzut din nou pe Sherman mișcându-se pe flancul său. Supărat de lipsa de agresiune percepută, Davis l-a înlocuit pe 17 iulie pe Johnston cu generalul John Bell Hood. Hiper-agresiv, Hood l-a atacat în mod repetat pe Sherman, dar a pierdut Atlanta în septembrie.
Odată cu averile confederației care semnalează la începutul anului 1865, Davis a fost presat pentru a da popularului Johnston o nouă comandă. Desemnat să conducă Departamentul din Carolina de Sud, Georgia și Florida, precum și Departamentul din Carolina de Nord și Virginia de Sud, el deținea puține trupe cu care să blocheze avansul lui Sherman spre nord de Savannah. La sfârșitul lunii martie, Johnston a surprins o parte a armatei lui Sherman la bătălia de la Bentonville, dar a fost în cele din urmă obligat să se retragă. Aflând despre predarea lui Lee la Appomattox pe 9 aprilie, Johnston a început discuțiile de predare cu Sherman la Bennett Place, NC. După negocieri ample, Johnston a predat cele aproape 90.000 de trupe din departamentele sale pe 26 aprilie. După predare, Sherman le-a oferit bărbaților înfometați ai lui Johnston zece rații, un gest pe care comandantul confederat nu l-a uitat niciodată..