ISI (Pakistan Inter-Services Intelligence) este cel mai mare dintre cele cinci servicii de informații din țară. Este o organizație controversată, uneori necinstită, că Benazir Bhutto, regretatul prim-ministru pakistanez, a numit cândva „stat în stat”. Tendința sa de a opera în afara controlului guvernului pakistanez este adesea în contradicție cu politica antiteroristă americană din sud. Asia. International Business Times a clasat ISI ca fiind cea mai bună agenție de informații din lume în 2011.
ISI a devenit acel „stat în stat” abia după 1979, în mare parte datorită miliarde de dolari în ajutor și armament american și saudit. Canalizate în mod exclusiv prin ISI către mujahidii din Afganistan, astfel de fonduri au ajutat la lupta împotriva ocupației sovietice acolo în anii '80.
Muhammad Zia ul-Haq, dictatorul militar pakistanez din 1977 până în 1988 și primul lider islamist al țării, s-a poziționat ca un aliat indispensabil al intereselor americane împotriva expansiunii sovietice în Asia de Sud. Zia a promovat ISI ca fiind o casă de compensare indispensabilă prin care ar trece tot ajutorul și armamentul. Zia, nu CIA, a decis ce grupuri de insurgenți au primit sprijin financiar. Aranjamentul a avut implicații de amploare pe care CIA nu le-a prevăzut, făcând Zia și ISI să fie o probabilitate (și dezastruoasă, retrospectivă) a politicii Statelor Unite în Asia de Sud.
La rândul lor, liderii pakistanezilor - Zia, Bhutto și Pervez Musharraf dintre ei - au folosit adesea abilitățile de dublu tratat ale ISI în avantajul lor. Acest lucru este valabil mai ales în ceea ce privește relația Pakistanului cu talibanii, pe care ISI a contribuit la crearea la mijlocul anilor 1990 și, ulterior, a fost finanțat, armat și menținut în afaceri pentru a contracara influența Indiei în Afganistan.
Ori direct sau indirect, ISI nu a încetat niciodată să sprijine talibanii nici după 2001, când Pakistanul a devenit în mod evident un aliat al SUA în războiul de al-Qaeda și talibani. Jurnalistul britanico-pakistanez Ahmed Rashid scrie în analiza sa eșuată a misiunii americane în Asia de Sud între 2001 și 2008:
chiar dacă unii ofițeri ISI ajutau ofițeri americani să localizeze ținte talibane pentru bombardierii americani [în 2002], alți ofițeri ISI pompeau în armament nou către talibani. Pe partea afgană a frontierei, operatorii de informații [Alianța de Nord] au întocmit liste cu camioanele ISI sosite și le-au transmis către CIA.
Modele similare continuă până astăzi, în special pe granița afgano-pakistaneză. Aici, militanții talibani sunt avertizați de operatorii ISI de a acționa o acțiune militară americană.
Potrivit unui raport al Academiei de Apărare, un tanc de gândire al Ministerului Apărării britanic, „Indirect, Pakistanul [prin ISI] a susținut terorismul și extremismul - fie la Londra 7/7, fie în Afganistan sau Irak”. pentru dezmembrarea ISI. În iulie 2008, guvernul pakistanez a încercat să pună ISI sub conducerea civilă. Decizia a fost inversată în câteva ore, subliniind astfel puterea ISI și slăbiciunea guvernului civil.
Pe hârtie (conform Constituției pakistaneze), ISI răspunde premierului. În realitate, ISI este oficial și eficient o ramură a armatei pakistaneze, ea însăși o instituție semi-autonomă care a răsturnat conducerea civilă a Pakistanului sau a condus asupra țării pentru cea mai mare parte a independenței sale din 1947. Situată în Islamabad, ISI se mândrește cu personal de zeci de mii, o mare parte din ofițeri de armată și oameni înrolați, dar atingerea sa este mult mai vastă. Exerciții care ajung prin agenții ISI pensionari, plus militanți sub influența sau patronatul său. Printre acestea se numără talibanii din Afganistan și Pakistan și mai multe grupări extremiste din Kașmir, provincie Pakistan și India se dispută de zeci de ani.
Așa cum s-a descris în istoria CIA și al-Qaeda lui Steve Coll din Afganistan din 1979:
Până în toamna anului 1998, CIA și alte rapoarte de informații americane au documentat multe legături între ISI, talibanii, bin Laden și alți militanți islamici care operează din Afganistan. Raportarea americană clasificată a arătat că informațiile pakistaneze au menținut aproximativ opt stații în Afganistan, angajați de ofițeri ISI activi sau ofițeri pensionari la contract. Rapoartele CIA au arătat că ofițerii de informații pakistanezi aproximativ la nivel de colonel s-au întâlnit cu bin Laden sau cu reprezentanții săi pentru a coordona accesul la lagărele de instruire pentru luptătorii voluntari care se îndreptau către Kașmir.
Acest model reflectă agenda Pakistanului de la sfârșitul anilor 90 - care s-a schimbat puțin de la - să sângereze India în Cachemire și să asigure influența pakistaneză în Afganistan, unde Iranul și India concurează, de asemenea, pentru strigoi, putere și autoritate. Acești factori de control explică relația marcantă a Pakistanului cu talibanii, bombardându-se într-un loc în timp ce o susține în altul. În cazul în care forțele SUA și NATO se retrag din Afganistan (la fel cum ajutorul american s-a încheiat după retragerea sovietică din țara respectivă în 1988), Pakistanul vrea o mână de control acolo. Sprijinirea talibanilor este polița de asigurare a Pakistanului împotriva repetării situației lăsate în urmă după retragerea americană la sfârșitul războiului rece.
După cum a spus Bhutto în 2007, în timpul unuia dintre ultimele ei interviuri:
Astăzi, nu este vorba doar de serviciile de informații, care au fost numite anterior un stat în interiorul unui stat. Astăzi este vorba de militanții care devin încă un mic stat din interiorul statului și acest lucru îi determină pe unii oameni să spună că Pakistanul este pe panta alunecoasă de a fi numit un stat eșuat. Dar aceasta este o criză pentru Pakistan, că dacă nu avem de-a face cu extremiștii și teroriștii, întregul nostru stat ar putea fi fondator.