Robert E. Lee a fost comandantul Armatei Virginiei de Nord din 1862 până la sfârșitul Războiului Civil. În acest rol, el a fost probabil cel mai semnificativ general al războiului civil. Abilitatea lui de a câștiga cel mai mult din partea comandanților și bărbaților săi a permis Confederației să-și mențină sfidarea spre nord față de cote crescânde. Lee a fost comandantul principal în mai multe bătălii din Războiul Civil.
Aceasta a fost prima bătălie în care generalul Lee a condus trupele confederaților în Războiul Civil, în serviciul generalului de brigadă Albert Rust. A luptat împotriva generalului de brigadă Joseph Reynold, în vârful Cheat Mountain, în vestul Virginiei. Rezistența federală a fost acerbă, iar Lee a oprit atacul. El a fost reamintit la Richmond pe 30 octombrie, obținând puține rezultate în vestul Virginiei. Aceasta a fost o victorie a Uniunii.
La 1 iunie 1862, Lee a primit comanda Armatei Virginiei de Nord. Între 25 iunie până la 1 iulie 1862, și-a condus trupele în șapte bătălii, numite colectiv Bataliile celor șapte zile.
Cea mai decisivă bătălie a Campaniei din Virginia de Nord, trupe conduse de Lee, Jackson și Longstreet au reușit să obțină o victorie uriașă pentru Confederație.
Această bătălie a avut loc ca parte a Campaniei din Maryland. Armata Uniunii a putut prelua poziția lui Lee pe South Mountain. Cu toate acestea, McClellan nu a reușit să urmărească armata devastată a lui Lee pe data de 15, ceea ce însemna că Lee a avut timp să se regrupeze la Sharpsburg.
McClellan s-a întâlnit în cele din urmă cu trupele lui Lee pe data de 16. Cea mai sângeroasă zi de luptă din timpul Războiului Civil a avut loc pe 17 septembrie. Trupele federale aveau un avantaj uriaș în număr, însă Lee a continuat să lupte cu toate forțele sale. El a fost capabil să țină avansul federal în timp ce trupele sale s-au retras peste Potomac în Virginia. Rezultatele au fost neconcludente, deși importante din punct de vedere strategic pentru armata Uniunii.
Generalul major al Uniunii, Ambrose Burnside, a încercat să-l ia pe Fredericksburg. Confederații au ocupat înălțimile din jur. Au respins numeroase atacuri. Burnside a decis în final să se retragă. Aceasta a fost o victorie confederată.
Considerat de mulți drept cea mai mare victorie a lui Lee, și-a marșat trupele pentru a întâlni trupele federale care încercau să avanseze pe poziția confederată. Forța Uniunii condusă de generalul general Joseph Hooker a decis să formeze o apărare la Chancellorsville. „Stonewall” Jackson și-a condus trupele împotriva flancul stâng federal expus, zdrobind decisiv inamicul. În cele din urmă, linia Unirii s-a rupt și s-au retras. Lee a pierdut unul dintre cei mai capabili generali ai săi când Jackson a fost ucis de un foc prietenos. Aceasta a fost o victorie confederată.
În bătălia de la Gettysburg, Lee a încercat un atac complet împotriva forțelor Uniunii, conduse de generalul maior George Meade. Luptele au fost aprige de ambele părți. Cu toate acestea, armata Uniunii a putut să respingă confederații. Aceasta a fost o victorie cheie a Uniunii.
Bătălia din sălbăticie a fost prima dintre ofensiva generalului Ulysses S. Grant în Virginia de Nord în timpul campaniei overland. Lupta a fost acerbă, dar rezultatele au fost neconcludente. Grant, însă, nu s-a retras.
Grant și Meade au încercat să-și continue marșul spre Richmond în Campania Overland, dar au fost opriți la Tribunalul Spotsylvania. În următoarele două săptămâni, au avut loc o serie de bătălii, soldând cu 30.000 de victime totale. Rezultatele au fost neconcludente, dar Grant a putut să-și continue marșul spre Richmond.
Armata Unirii sub Grant a continuat să-și facă avansul în Campania de Pământ. Au pornit spre Cold Harbor. Totuși, pe 2 iunie, ambele armate erau pe câmpul de luptă care se întindea cu șapte mile. Grant a ordonat un atac care a dus la o rută pentru oamenii săi. În cele din urmă a părăsit câmpul de luptă, alegând să se apropie de Richmond prin orașul mai puțin bine apărat din Petersburg. Aceasta a fost o victorie confederată.
Armata Unirii a traversat râul James în Deep Bottom pentru a începe să-l amenințe pe Richmond. Nu au reușit, însă, în timp ce contraatacurile confederaților i-au alungat. În cele din urmă s-au retras în partea cealaltă a râului James.
Generalul Robert E. Lee a încercat la Appomattox Court House să scape de trupele Uniunii și să se îndrepte spre Lynchburg, unde așteptau proviziile. Cu toate acestea, consolidările Uniunii au făcut acest lucru imposibil. Lee s-a predat lui Grant.