Evoluția durează foarte mult timp pentru a deveni vizibilă. Generație după generație poate veni și merge înainte ca orice modificări ale unei specii să fie observate. Există unele dezbateri în comunitatea științifică cu privire la cât de rapid se produce evoluția. Cele două idei general acceptate pentru ratele de evoluție se numesc gradualism și echilibru punctuat.
Pe baza geologiei și a descoperirilor lui James Hutton și Charles Lyell, gradualismul afirmă că schimbările mari sunt de fapt apogeul unor schimbări foarte mici care se acumulează în timp. Oamenii de știință au găsit dovezi ale gradualismului în procesele geologice, pe care Departamentul de învățământ din Insula Prințului Edward îl descrie ca fiind
"... procesele de lucru în formele terestre și suprafețele terestre. Mecanismele implicate, intemperiile, eroziunea și tectonica plăcilor, combină procese care sunt, în unele privințe distructive și în altele constructive."
Procesele geologice sunt schimbări lungi, lente, care apar pe parcursul a mii sau chiar milioane de ani. Atunci când Charles Darwin a început să își formuleze teoria evoluției, el a adoptat această idee. Înregistrarea fosilelor este o dovadă care susține acest punct de vedere. Există numeroase fosile tranzitorii care prezintă adaptări structurale ale speciilor pe măsură ce se transformă în specii noi. Susținătorii gradualismului spun că scala de timp geologică ajută să arate modul în care speciile s-au schimbat în diferitele epoci de când a început viața pe Pământ.
În schimb, echilibrul punctat se bazează pe ideea că, întrucât nu puteți vedea schimbări într-o specie, trebuie să existe perioade foarte lungi în care nu apar modificări. Echilibrul punctat afirmă că evoluția are loc în explozii scurte urmate perioade lungi de echilibru. Altfel spus, perioadele lungi de echilibru (fără modificări) sunt „punctate” de perioade scurte de schimbare rapidă.
Propunenții echilibrului punctuat au inclus oameni de știință precum William Bateson, un puternic adversar al opiniilor lui Darwin, care a susținut că speciile nu evoluează treptat. Această tabără de oameni de știință consideră că schimbarea se întâmplă foarte rapid, cu perioade lungi de stabilitate și nici o schimbare între ele. De obicei, forța motrice a evoluției este un fel de schimbare în mediu care necesită o schimbare rapidă, susțin ei.
În mod ciudat, oamenii de știință din ambele tabere cită evidența fosilelor drept dovezi pentru a-și susține părerile. Proponenții echilibrului punctuat subliniază faptul că există multe legături lipsă în înregistrarea fosilelor. Dacă gradualismul este modelul corect pentru rata evoluției, susțin ei, ar trebui să existe înregistrări fosile care să dovedească o schimbare lentă și treptată. Aceste legături nu au existat niciodată, pentru a începe, spun susținătorii echilibrului punctuat, astfel încât se elimină problema legăturilor lipsă în evoluție.
Darwin a indicat, de asemenea, dovezi fosile care au arătat modificări ușoare în structura corpului speciei de-a lungul timpului, ducând adesea la structuri vestigiale. Desigur, înregistrarea fosilelor este incompletă, ceea ce duce la problema legăturilor care lipsesc.
În prezent, niciuna dintre ipoteze nu este considerată mai exactă. Mai multe dovezi vor fi necesare înainte ca gradualismul sau echilibrul punctat să fie declarat mecanismul efectiv al ratei de evoluție.