Când Commodore Matthew Perry și navele negre americane au apărut în portul Edo, apariția lor și „deschiderea” ulterioară a Japoniei au pornit un lanț imprevizibil de evenimente în Tokugawa Japonia, în frunte cu un război civil care a izbucnit cincisprezece ani mai târziu: Boshin Război.
Războiul de Boshin a durat doar doi ani, între 1868 și 1869, și i-a pus pe samurai și nobili japonezi împotriva regimului Tokugawa domnesc, în care samuraii doreau să răstoarne shogunul și să restituie puterea politică împăratului..
În cele din urmă, militarii samurai pro-împărați din Satsuma și Choshu l-au convins pe împărat să emită un decret de dizolvare a casei Tokugawa, o lovitură potențial fatală familiei fostului shoguns.
La 27 ianuarie 1868, armata shogunatului, care număra peste 15.000 și era formată în principal din samurai tradiționali, a atacat trupele Satsuma și Choshu la intrarea de sud a Kyoto, capitala imperială.
Choshu și Satsuma au avut doar 5.000 de soldați în luptă, dar aveau armament modern, inclusiv puști, obuze și chiar arme Gatling. Când trupele pro-imperiale au câștigat lupta de două zile, mai mulți daimyo importanți și-au schimbat fidelitatea de la shogun la împărat.
Pe 7 februarie, fostul shogun Tokugawa Yoshinobu a părăsit Osaka și s-a retras în propria sa capitală Edo (Tokyo). Descurajate de zborul său, forțele shogunale au renunțat la apărarea Castelului Osaka, care a căzut în forțele imperiale a doua zi.
Într-o altă lovitură a shogunului, miniștrii de externe din puterile occidentale au decis la începutul lunii februarie să recunoască guvernul împăratului drept guvernul de drept al Japoniei. Cu toate acestea, acest lucru nu a împiedicat samuraii din partea imperială să atace străinii în mai multe incidente separate, întrucât sentimentul anti-străin era foarte ridicat.
Saigo Takamori, renumit mai târziu drept „Ultimul Samurai”, a determinat trupele împăratului în Japonia să încercuiască Edo în mai 1869, iar capitala shogunului s-a predat necondiționat la scurt timp mai târziu..
În ciuda acestei înfrângeri aparent rapide a forțelor shogunale, comandantul marinei shogunului a refuzat să predea opt dintre navele sale, în loc să se îndrepte spre nord, în speranța de a uni forțele cu samuraii clanului Aizu și alți războinici ai domeniului nordic, care erau încă fideli față de guvernul shogunal.
Coaliția Nordului a fost valentă, dar s-a bazat pe metodele tradiționale de luptă și armament. A fost nevoie de trupele imperiale bine înarmate din mai până în noiembrie 1869 pentru a înfrânge în sfârșit rezistența nordică încăpățânată, dar pe 6 noiembrie, ultimul samurai Aizu s-a predat.
Cu două săptămâni mai devreme, perioada Meiji începuse oficial, iar fosta capitală shogonală la Edo a fost redenumită Tokyo, însemnând „capitala estică”.
Deși războiul Boshin s-a încheiat, retragerea din această serie de evenimente a continuat. Asistenții de la Coaliția de Nord, precum și câțiva consilieri militari francezi, au încercat să înființeze Republica Ezo separată pe insula de nord a Hokkaido, dar republica de scurtă durată s-a predat și a scăpat de existență la 27 iunie 1869.
Într-o întorsătură interesantă, Saigo Takamori din foarte pro-Meiji Domeniu Satsuma a regretat ulterior rolul său în restaurarea Meiji. El a sfârșit prin a fi bătut în rolul de lider în Rebeliunea condamnată a Satsuma, care s-a încheiat în 1877 odată cu moartea sa.