Comunitățile acvatice sunt principalele habitate de apă din lume. La fel ca biomii terestre, comunitățile acvatice pot fi, de asemenea, împărțite pe baza unor caracteristici comune. Două denumiri comune sunt comunitățile de apă dulce și marine.
Râurile și pâraiele sunt corpuri de apă care se mișcă continuu într-o singură direcție. Ambele schimbă rapid comunitățile. Sursa râului sau a pârâului diferă de obicei semnificativ de punctul în care râul sau pârâul se golește. O varietate de plante și animale pot fi găsite în aceste comunități de apă dulce, inclusiv păstrăv, alge, cianobacterii, ciuperci și, desigur, diverse specii de pești.
Estuarele sunt zonele în care fluxurile de apă dulce sau râurile se întâlnesc cu oceanul. Aceste regiuni extrem de productive conțin viață vegetală și animală larg diversificată. Râul sau pârâul transportă de obicei multe substanțe nutritive din surse interioare, ceea ce face ca estuarele să poată susține această diversitate bogată și o productivitate ridicată. Estuarele sunt hrănitoare și de reproducție pentru o varietate de animale, inclusiv păsări de apă, reptile, mamifere și amfibieni.
Lacurile și iazurile sunt corpuri de apă în picioare. Multe pâraie și râuri se termină în lacuri și iazuri. Fitoplanctonul se găsește de obicei în straturile superioare. Deoarece lumina este absorbită doar la anumite adâncimi, fotosinteza este frecventă numai în straturile superioare. Lacurile și iazurile susțin, de asemenea, o varietate de vieți vegetale și animale, inclusiv pești mici, creveți cu saramură, insecte acvatice și numeroase specii de plante.
Oceanele acoperă aproximativ 70% din suprafața pământului. Comunitățile marine sunt greu de împărțit în tipuri distincte, dar pot fi clasificate în funcție de gradul de penetrare a luminii. Cea mai simplă clasificare este formată din două zone distincte: fotic și aphotic zone. Zona fotică este zona sau zona de lumină de la suprafața apei până la adâncimile la care intensitatea luminii este de aproximativ 1% din cea de la suprafață. Fotosinteza are loc în această zonă. Marea majoritate a vieții marine există în zona fotică. Zona afhotică este o zonă care primește puțină sau deloc lumina soarelui. Mediul din această zonă este extrem de întunecat și rece. Organismele care trăiesc în zona afhotică sunt adesea bioluminescente sau sunt extremofile și adepte la viața în medii extreme. Ca și în cazul celorlalte comunități, o varietate de organisme trăiesc în ocean. Unele includ ciuperci, bureți, stele marine, anemone marine, pește, crabi, dinoflagelate, alge verzi, mamifere marine și alge gigant.